东林党自打自脸
崇祯殉难，清军入关，天下危在旦夕的时候，与清王朝隔江而对的南明弘光政权，成了再造大明王朝的新希望，但这政权一建立就不给力，国家大事没怎么处理，先闹出了一桩南明版的“争国本案”。
南明王朝建立后，围绕着谁当皇帝的问题，江南的东林党和权臣马士英一派各执一词。“争国本”时代坚守“立长”法统的东林党，在这场争斗中反而又搬出了“立贤”的论调，即藩王里谁有能力，就立谁当皇帝。当时的三大热门候选人，分别是马士英推举的福王，东林党推举的路王，以及远在广西的桂王。
两派人争争吵吵，没想到福王朱由菘自己把这个问题解决了，他写信给南明手握重兵的江北三镇，即高杰，黄泽清，刘德功三位总兵，取得他们支持后，随即带兵进了南京，然后就顺利登上了皇位。这种登基方式，也带来了一个负面影响：关系南明国土安全的江北三镇，从此以开国功臣自居，南明政权对他们再难节制。
公务员泛滥成灾
南明弘光政权中把持大权的马士英，在崇祯时代曾多有建树，也出了名的仗义。曾经慷慨解囊，为大文学家张溥料理后事。但南明时代，他却被骂做奸臣。
真正找骂的，主要是这几件事：一是在朱由菘登基后，他启用好友，当年曾迫害东林党的“阉党”阮大铖出山，使他与东林党关系激化。而后阮大铖大肆报复排挤东林党，更闹得政权乌烟瘴气。
二是福王即位后，他干的第一件事，就是出卖了东林党重量级人物，后来死守扬州的民族英雄史可法。当年讨论南明皇帝人选时，史可法有著名的“七不可”论，即七条反对朱由菘即位的理由。而这一切，马士英早就给朱由菘汇报了。结果，招来朱由菘记恨的史可法，不得不以外出“督师”的名义避祸。
第三，则是他在南明担任内阁首辅期间的经济改革，主要是提高南明的盐税和酒税，以充实国库，为了解决财政困难，他更大肆卖官鬻爵，各级官职都明码标价，当时南明就有民谣称“都督多如狗，职方满街走”，南明的官，已经多到泛滥了。
