4，被党争与瞎指挥毁掉
明朝自从文官带兵以来，以他们这种成熟的培养体制，造就了大批战功卓越的文官。但是明朝最终的灭亡，也和这种培养体制被破坏大有关系。万历中后期开始，明朝党争越演越烈，这种争斗也涉及到文官带兵层面，党争的参与者都知道，哪个派系的人担负了军事大权，哪个派系话语权就越大。如此一来，许多军事才能卓越的文官，其实就成了党争的牺牲品。
典型如万历晚期担任辽东经略的熊廷弼。在努尔哈赤崛起，辽东明军节节败退的危急局势下，熊廷弼临危受命，很快为明军稳住了战局，可就在局面刚有转机时，万历皇帝驾崩，朝中话语权最大的派系，就是大名鼎鼎的东林党，可偏巧战功卓越的熊廷弼是楚党，如此一来，东林党展开了轰轰烈烈揭批熊廷弼的高潮，失去已故万历皇帝庇护的熊廷弼备受攻击，黯然去职，接替他的，是以清廉著称，军事常识却堪称白痴的袁应泰。
（袁应泰画像）
结果不到一年，辽东局面逆转，重镇沈阳沦陷，并成了后金的都城盛京。而后熊廷弼虽然再度复职，但是却依然受到东林党掣肘，名为辽东经略，其实毫无实权成了摆设。最终随着辽阳沦陷，他成了魏忠贤阉党争权的牺牲品，被魏忠贤罗织罪名杀害，并借机大肆捕杀东林党。正是这种已经严重扭曲的党争，才使得晚明大批毫无军事才能的文官，靠着派系的佑护执掌方面大权，并很快丢盔弃甲。
比起党争来，而明朝文官带兵体系，在晚明遭到了另一个重创，就是文官带兵本身这个“三位一体”模式的被破坏。
明朝军队的高层指挥，是一个相互制衡的体系，但在打仗的时候，必须是一个自身独立的系统，才能发挥最大效用。这个道理，连三十年不上朝的明神宗都是明白人，明神宗一辈子干了很多荒唐事，但惟独没干过的，就是干涉前线军事主官的自主权。
明神宗执政时期的几位名将，包括打抗倭援朝战争的李如松，平定扯立克叛乱的郑洛，甚至经略辽东的熊廷弼，在统兵打仗期间，遭受的非议都颇多，每一个作战计划甚至每一场战斗，都会招来外界扑天口水。而明神宗的作法却是力挺，不管外人怎么说，只要认定的将领，就给予百分百支持。比如对熊廷弼，外界骂熊廷弼的奏折，他都留中不发，而熊廷弼更被授予密折专奏权，他的每一分奏报，素来以懒惰著称的明神宗，都亲自批阅并回复。正是这种推心置腹的信任，才成就了这些将领的成功。
万历之前，明朝历次战争虽然也多是文官带兵，各部门相互掣肘，但在相互制约中，通过给予专征文官统一的事权，还能保证权责统一。而到了晚明，这种指挥方式的权力分配本身，也遭受影响，经常在重大战争中，碰到自己军队到底谁说了算的问题，熊廷弼的悲剧就是其中之一，身为辽东经略，却毫无实权，听凭巡抚王化贞瞎搞，最终葬送战局，并一起陪绑。等到崇祯灭了魏忠贤后，这种局面不但没有改变，反而越演越烈，猜忌心极重的崇祯根本不相信任何人，放在具体战争中，就是他不会给任何人绝对统一的事权，反而乐得听凭下属臣子相互争斗争权。正是这种猜忌，令明朝军队在战场上付出了惨重代价。
比如崇祯年间以重创农民军而著称的卢象升，在皇太极率清军围北京时受命救援，被任命统帅全国援军，可他又开罪于宦官高起潜。结果他名为统帅，却被高起潜暗中使坏，办事处处掣肘搞鬼，而打了败仗的黑锅却由他背，最后他名为统帅，却其实只能统帅了五千人驻守巨鹿，清军攻打巨鹿时，他率领五千孤军浴血奋战，最终壮烈殉国，而在他身边，数万明朝精锐部队在高起潜的指挥下按兵不动，眼睁睁的看着统帅殉难。
他的死，不但让明朝失去了一位卓越的军事家，更让明朝的大对头李自成，少了最恐惧的克星。
（李自成进京）
而按照明朝“三位一体”的指挥模式，身为统帅的他应该有绝对的实权，这种悲剧本不该发生。然而在崇祯年间，这种悲剧先发生在他身上，后来又发生在另一位名将孙传庭身上，最后又发生在宁锦之战的洪承畴身上，三位最卓越的文官统帅，两个殉难一个投降清朝，明朝最后挽救灭亡的机会就这样丧失，而直接制造了悲剧的崇祯，也最终随着北京城破，在煤山上了结了自己苦命而困惑的一生。
1644年，李自成军攻破北京时，崇祯于煤山自缢身亡，终年34岁，在位17年。
