冯庸大学校长冯庸在贯彻民国教育方针的同时，以强烈的爱国主义精神和独特的视角，创立了“冯庸教育主义”，即“三纲”、“八德”、“八正”、“教养”、“始基”。“八德”则是冯庸教育主义的主要内容。“八德”为孝、悌、忠、信、礼、义、廉、耻八种道德观念。“八正”是“八德”的补充，是实践“八德”的方法。冯庸大学办学方针是贯彻爱国主义的精神，以培养新人、改造社会为基本出发点，加强道德教育、实业教育、军事教育和体育，并使它们结合起来。在进行这些教育的过程中，注重实用、实战，着眼于培养道德纯正、体魄健康、有武勇精神、懂军事、会技术的新青年，从而达到爱国、救国的目的。在冯庸大学墙上写上了办学宗旨“造成新中华的青年”，极力主张把爱国主义、民族自立贯穿于教育实践中。冯庸大学的精神核心，是以传统的中国文化为根基，贯彻爱国主义精神，关心国家的前途，关心青年人的前途。
随着冯庸大学名气日盛，所遵循的冯庸教育主义锋芒直指日本帝国主义，引起日军强烈不满，将之视为眼中钉、肉中刺。1931年19日清晨6点30分，沈阳城沦陷，整个城市顿时陷入空前的劫难中。21日下午4点，冯庸大学和东北大学及东北大学工厂，均被日军占领，日本兵在学校内进行全面搜查，捣毁了校舍、实习工厂、办公设施等，将教室、宿舍的箱柜洗劫一空。日本兵还蛮横地强令学生们当天全部离校，不准再上课。
9月22日上午11时，日军将冯庸大学校长冯庸逮捕监禁。关东军司令本庄繁威迫被关押的冯庸出任东北领袖，组织满洲独立，并正式提出两项条件：一是永远脱离国民政府，宣布独立国;二是承认日本在满蒙一切已得权利。本庄繁还承诺，在军力上由日方充分帮助，财政由满铁株式会社接济，让冯庸替代张学良主持东北政局。冯庸大义凛然，断然拒绝：“因此若杀我，我亦死得光明磊落”，“死耳，誓不为卖国贼”。日本人认为冯庸还有利用价值，所以暂时未对冯庸下毒手。冯庸通过来探望他的老师给学校传递了一张纸条：“冯大师生速到北平。”学生们开始准备前往北平。
很多人开始为解救冯庸积极地活动。最后在冯庸大学日籍教授冈部平太帮助下，10月3日日军释放了冯庸。几经磨难，28日，冯庸回到北平主持流亡中的冯庸大学校务，筹备冯庸大学复校工作。1932年10月1日，冯庸大学师生在北平西直门崇元观五号的前陆军大学校舍复校，张学良参加了开学典礼。
1933年6月，冯家私产基本耗尽，冯庸大学再也没有恢复学校的力量了。经张学良同意，冯庸将学校并入东北大学。此事在《国立东北大学廿四周年纪念册》有如下记载：“1933年6月，冯庸大学结束，并入本校，所占原陆军大学校址，由军委会拨本校校舍。”冯庸大学绝大部分学生各奔东西。他们有的报考了燕京大学、清华大学，少数学生转到浙江大学和河南大学。还有的回东北加入中共地下组织继续抗日，有的青年投考军校，报效国家。
冯庸大学从建立到解散，共有三批毕业生。作为东北的第一所私立大学的冯庸大学，历时六年宣告结束。
