为突破风云一号C气象卫星高可靠、长寿命关键技术做了大量的研究工作。由他负责的“FY-1(02)姿态控制系统”获2000年度上海市科技进步一等奖(第一完成人)。“风云一号C气象卫星”获2000年度国防科工委科技进步一等奖(第五完成人)。
此外，他的另一项目获2000年度国防科工委科技进步二等奖(第一完成人)。2001年11月侯建文当选第七届上海市十大科技精英(新世纪首批十大科技精英)。
至于国防科工委二等奖，有消息指他参与解放军红旗16系列导弹的设计，前段时间央视10套报道他过。红旗16是中国自己研制的中低空防空导弹，有舰发和陆基两类型。最近中央电视台画面中显示，解放军陆军防空部队已经装备了红旗-16导弹的新改进型。该型导弹可能代号为红旗-16B，其射程从原红旗-16A的40公里提高到了70公里。
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侯建文还是是中国2020火星探测器轨道器和嫦娥五号轨道器负责人。
目前为止，中国国家安全部门和俄罗斯情报部门都没有对有关传闻做出回应。
有熟悉国际情报活动的人士指，根据国际惯例，一旦发生间谍事件，当事国通常会尽量低调处理，除非两国交恶，要用事件让对方难堪。而中国和俄罗斯关系友好，自九十年代初两国关系正常化后，两国还没有公开发生过间谍曝光事件。
曝光外国间谍潜伏最多的中国城市
据法新社统计目前在华的间谍一共有115675人，其中外国籍人士48564人，中国籍人士67111人。其中：
1.美国间谍19571人，其中军事专业间谍9876人(含中国籍7766人)商业间谍9695人。
2.法国间谍12471人，其中军事间谍6879人，商业间谍5592人
3.日本间谍21871人，其中军事间谍11569人，商业间谍10302人
4.德国及欧盟其它国家间谍41762人，其中军事间谍31543人，商业间谍10219人
5.其它国家间谍20000人
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外国间谍潜伏最多的的中国城市
