四川之役
1916年1月16日，蔡锷所部刘云峰梯团抵达滇川接壤之新场。17日，向川南镇守使伍祥祯部发起进攻。次日，占领四川高县西北之横江。19日，向叙府（今宜宾）西南之安边进攻。第1支队在正面实施佯动，第2支队利用夜暗迂回至安边侧翼，突然发起攻击，伍部向叙府溃逃。护国军乘胜追击，21日占领叙府。嗣后，袁军分四路反攻叙府，均被击退。
27日，贵州护军使刘显世宣布贵州独立，并派出两路黔军协同云南护国军作战。一路由黔军第1团至第3团合编为护国军东路支队，王文华任司令，进击湘西。一路由第5、第6团和戴戡所率滇军合编为滇黔联军右翼军，戴任总司令，向四川綦江、重庆一带进攻。2月13日，戴部抵川黔边境松坎（属贵州桐梓）。14日，向川军第1师等部发动进攻，至18日，连克綦江以南之东溪、马口垭等地。下旬，袁军陆续增兵向戴部反攻，戴部相继退守东溪、松坎，与敌对峙。
蔡锷所部赵又新梯团一部与已起义川军刘存厚第2师，于2月初联合向四川泸州发起攻击，一度占领泸州外围蓝田坝、月亮岩等要点。北洋军陆续抵泸后，护国军寡不敌众，退守纳溪等地待援。23日，蔡锷根据敌我态势，决定采用两翼包围、正面突破战术，以攻势防御消灭袁军。28日开始反击，战至3月6日，袁军伤亡惨重，护国军亦因弹药不济，人员疲惫，分路撤出纳溪至叙蓬溪（今护国镇）一带有利地形休整。15日，蔡锷乘袁军官兵厌战，物资补给极其困难之机，决定集中主要兵力分三路反攻纳溪。17日，担任主攻的右翼赵又新梯团从纳溪以东之白节滩发起进攻;中路顾品珍梯团在正面牵制敌军;左翼刘存厚部攻占江安，保障主力侧翼安全。19日，护国军全线突破袁军前沿阵地，歼敌一部。至3月底，陆续收回失地。袁军伤亡甚众，无力继续作战。
湘西之战
王文华率护国黔军于1916年1月下旬进抵黔湘边境后，立即分路向湘西袁军进攻。第1团于2月2日晚乘湖南晃州（今老晃）城中袁军欢度旧年除夕之机发起攻击，袁军不备，次日败逃蜈蚣关（距晃州东约15公里）。黔军进占晃州。4日，攻克蜈蚣关，歼袁军第5混成旅和镇远道守备部队各一部。第3团于2月5日克黔阳。其间，第2团攻占麻阳城外围部分据点，曾两次攻城未果。13日，第1、第3团联合向沅州（今芷江）发起攻击，袁军弃城逃走。14日，黔军占沅州。王即以第1团一部兵力支援第2团再攻麻阳城，16日攻克该地。至2月下旬，护国黔军连克洪江、靖县、通道、绥宁等地，击溃袁军约3个混成团兵力。3月中旬，袁军向麻阳、黔阳等地发动反攻。护国黔军顽强抗击，牵制湘西袁军向主要方向四川转移兵力。
滇桂边之战
李烈钧部于1916年2月20日由昆明向广西开进。3月初，在滇桂边境之广南、富宁地区与龙觐光部展开激战。第2军张开儒梯团于富宁东面之皈朝地区击退龙军第1路司令李文富部多次进攻，双方成僵持状态。第2军方声涛梯团与龙军第2路司令黄恩锡部在广南地区激战数日，将黄部击退。15日，宁武将军陆荣廷通电宣布广西独立。云南护国军趁势向龙军发动反攻。与此同时，由云南前出广西截击龙军的第3军赵钟奇梯团进抵西隆（今广西隆林），与方声涛梯团夹击黄恩锡部。黄部战败，残部向滇南逃窜。由第3军一部改编的挺进军黄毓成部，此时亦由云南经贵州兴义进抵广西百色，协同桂军包围龙觐光指挥部，并将其全部缴械。李文富见大势已去，率众投降。窜至滇南的龙军第3路龙体乾土匪武装和黄恩锡残部，遭第3军刘祖武等部阻击，部分被歼，部分逃离滇境。
运动胜利
袁世凯三路攻滇计划失败，加上在广东、山东等地袁军亦遭到打击，外交上又连受挫折，被迫于1916年3月22日宣布撤销帝制，但仍居大总统位。为彻底推翻袁的独裁统治，5月8日，已独立的滇、黔、桂、粤等省在广东肇庆成立对抗北洋政府的军务院。不久，陕西、四川、湖南等省相继宣布独立。袁益陷窘境，6月6日忧病而死。
蔡锷等护国军将领依靠人民支持和部队旺盛士气，适时变更部署，持重待机，重视瓦解敌军，并采用佯动、袭击、割裂等手段，使护国战争赢得胜利，推翻了洪宪帝制。但代之而起的仍是直、皖、奉北洋集团的军阀统治。
