有一次，他又在迷宫里玩鬼撞墙，突然看见丞相的车骑从远处过来了。丞相的车骑非常煊赫，秦始皇不太高兴，觉得丞相用车超标，于是嘟囔了几句。
当时秦朝的丞相设左右两名，一个是李斯，一个是冯去疾。这个超标的不知是其中哪个。但不管怎么样，该丞相闻讯后立刻减损车马，不敢摆阔。秦始皇知道了，大怒，心想一定是身边某个太监泄露了我抱怨丞相的话。“我不是说好了吗，不许泄露我在迷宫里的行动和言语。不然神仙不敢来了！”于是他把那天在场的身边值勤太监全宰了。
可是，尽管秦始皇这么虔诚，腼腆的神仙们还是不肯亲临咸阳一露芳容。负责拉皮条的卢生，一看自己拉不来神仙，就在骗局即将被揭穿前卷着钱逃跑了。临走还把秦始皇大骂了一场，骂他心不诚（原话是“贪于权势”，意思是秦始皇整天忙着处理政务，不适合当神仙）。
秦始皇从迷宫里出来，发现卢生已经跑了，自己还挨了骂，骂词已经传到了咸阳民间，于是他的愤怒可想而知。作为老百姓，被人骗了，也要一哭二骂三上吊，作为皇帝，则只有杀人了。他展开大搜捕，要坑杀这些骗子加诽谤者。
当时云聚咸阳的文学方术士甚众。这些家伙有分工，文学士是歌颂太平的，作《仙真人诗》之类，干些帮闲的事。方术士是炼药的，治病求长生圆满，大搞封建迷信，总之他们的特点就是跑来蒙事，以求“奸利”，也就是抓钱。
秦始皇下令在咸阳的这帮“文学方术士”中间排查类似徐福、卢生这种欺骗并且（或者）诽谤我的人，最终互相揭发，确定了四百六十余个有问题的人，秦始皇把他们都坑杀了。
这件事情后来却成了秦始皇的盛名之累，所谓坑儒。其实“坑儒”到底是怎么回事，到底坑的是不是儒？历来众说纷纭，似乎永远说不清了。据不佞的揣测，秦始皇并非专意要坑儒者，而是坑骗子和诽谤者。坑他们的目的用《史记》上的话讲叫“以惩后”，以避免天下人再来骗皇帝和诽谤皇帝，而不是惩罚他们学了儒学。
后来公子扶苏的话也印证了这一点。扶苏这人心比较软，在给这些要被坑的文学方术士们求情时说：“这些人都是诵法孔子的，请陛下原谅了他们吧！”
扶苏夸讲这些人“诵法孔子”，宣扬他们学儒这个优点，以便得到饶恕。也就是说，在扶苏和他老爹之间存在着这样一个假设前提：学儒、学孔子的是好人，所以请饶了他们吧。可见大秦朝和秦始皇并没有一贯把儒者列为打击的对象，否则扶苏能这么夸人来救人吗？换句话说，如果“学儒”是他们的罪名，秦始皇专意是要“坑儒”，扶苏还用这样的“罪名”为他们求情，岂不是脑袋进水了。
秦王朝虽然历来倡导法家，没有抬尊儒者，但也并没有要灭绝儒家。事实上，秦始皇、秦二世身边一直都有很多儒者色彩的“博士”。秦始皇与人的对话，在《史记》的记载中，除了与丞相等人，主要就是与这些儒者色彩的博士了，可见这些博士地位蛮高，常能在御前议事，而且丞相王绾等人身上，也带着鲜明的儒家特色。秦始皇在泰山琅等处的刻石文字也表达了对儒家学说的敬重，其中很多言辞是典型的儒家术语，譬如“专隆教诲、男女礼顺”。后来即使到了秦二世时代，陈胜吴广起义了，对于这样的大事，胡亥还曾召“博士诸儒生”问对策，有博士诸儒生三十余人上前回答问题，可见儒生是一直不同程度地参与到秦政府的高级决策层的。
总之，秦始皇并不是有意要与儒家为难。这四百六十人被秦始皇坑杀了，是因为秦始皇痛恨他们像卢生那样欺骗或者散布诋毁秦始皇的话，犯了诽谤罪，而并非惩罚他们学了儒。秦王朝并没有专意要“坑儒”，最多是坑了政见不合者，而且只是这一次行动。
实际上，“坑儒”一词是很晚出的很不严谨的一种说法，《史记》里原本说的是“坑术士”，另一个汉朝人伍被也说是“杀术士”。至于后代司马光、苏东坡这些比较严谨的文人，也都是说“屠术士”。
