对于张献忠“屠川”之说，清朝时的书籍中，其可信度有些值得怀疑，有一些历史学家持怀疑态度。他们认为，这些史料多半出自清朝的官方正史和御用文人，有严重的污蔑、栽赃的倾向。
其一，攻占四川意图
从张献忠的主观意图来看，张献忠入川的本意是要夺取四川作为根据地，既可出汉中定西北，又可下长江定江南，重演隆中对的策划，退则可割据一方，天下有事则坐山观虎斗，天下无事则举蜀而降，也可以封王封侯。1644年张献忠好不容易攻进成都，建立了自己的国家。建国之后就拼命招徕四川人才，并发布“三年不征钱粮”的政治号召。很难想象他一边建国，一边又大肆屠杀民众而自毁长城。
其二，安抚当地百姓。
以张献忠经营四川的第一年情况来看，“屠蜀”是不符合事实的。1644年，张献忠进军成都时，明朝守土官员曾问张献忠入川的意图何在。使者回答说：“暂取巴蜀为根，然后兴师平定天下。归诚则草木不动，抗拒即老幼不留。”。所以他在入川初期是非常注重团结所有有可能团结的力量的，打击的对象仅限于与大西政权为敌的官绅，除了抵抗者之外，并不滥杀无辜。
他在攻打泸州的檄文中说：“凡我军士，如有借故滋扰，株连良民，及其他淫掠不法情事者务须从严查办，赔偿损失。
保存至今的大顺二年（1645）《大西驳骑营都督府刘（进忠）禁约碑》郑重声明：“本府秉公奉法，号令森严，务期兵民守分相安，断不虚假不许擅自招兵，扰害地方;不许往来差舍擅动铺递马匹兵夫;不许地方武职擅受民词;不许假借天兵名色扰害地方;不许无赖棍徒具词诈告，妄害良民;不许文武官员擅娶本土妇女为妻妾。”违者按碑律斩杀。这是张献忠起义军注意纪律的铁证。
与张献忠接触频繁的西方传教士曾统计过，张献忠在成都建立政权之初，“在朝之官统计千人”，而其中大部分是在四川吸收的。至于那些未及入仕的知识分子，在张献忠攻克成都后，或“入学”，或“习举业”，以至于当大顺二年“开科取士”时，“应诏者不下数千”。
如果张献忠入川后发动大规模屠蜀或镇压官僚士子事件是真的话，上述原明官吏转到大西政权寻求保护，或是知识分子在新朝积极考取功名的现象是不可能出现的。而当时的真实情况就是大西军占领四川的初期，各地社会秩序比较稳定，地主豪绅既有攀龙附凤之心，又慑于大西政权的兵威，阶级冲突并不十分尖锐。因此，大西政权采用暴力镇压的措施相当有限，杀人并不多。
其三，“七杀碑”的传说。
例如满清的“七杀碑”传说。清政府说张献忠不仅杀人如麻，还在他杀人的地方立了个碑，碑上写有：
“天生万物以养人，人无一善以报天， 杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀’”。
但是，1934年一位英国传教士在四川广汉的一个公共墓地里，找到了一块张献忠立下的“圣谕碑”。碑文上却是：
“天生万物与人，人无一物与天;鬼神明明，自思自量”。
说的是慈悲的上天赐万物于人类，而人却没有一物可用来报答上天，所以人需要反省，是劝人畏天行善的，根本就没有一点杀气。而某些御用文人，把前两句留下，后面加上七个“杀”字，来凸显张献忠的残暴，其污蔑、泼粪之意，不言自明。
