明朝内阁大学士王锡爵，甚至拿出朱元璋不征越南的例子，来反对开战决议，对此朱翊钧回复了一句话：缅甸不是安南（越南），我也不是太祖朱元璋。开战之后，明朝政府军与当地土司密切配合，取得斩杀缅甸军数万的“攀枝花大捷”，一举收复自明朝嘉靖年间以来，缅甸侵吞中国的所有领土（后来又被清王朝给搞丢了）。而另一次“河洮之变”，起因则因鞑靼可汗扯立克悍然进犯青海地区，杀明朝总兵李连芳，消息传来，群臣一片喊打声。但朱翊钧却力排众议，虽然任命宣大总督郑洛主持战事，但密令郑洛不要冒然开战，而是采取分化瓦解策略，拉一支打一支，最终平息动乱。被认定昏庸的万历，在国家大事上，却有他刚猛果敢的一面。
莫欺万历不上朝
亲政后的朱翊钧，最出名的事，是几十年不上朝。但即使不上朝，国家大事他也不糊涂，最大的本事就是用人。群臣曾建议从朝廷大臣里选派封疆大吏，接着被他一顿批，说没上过战场的京官怎么能戍边？甚至还曾下令，只要是人才，可以破格越级提拔。
后来在青海立下边功的郑洛，便来自他的慧眼识英。而且一旦决定用谁，朱翊钧的态度便十分坚定，哪怕周围各种构陷弹劾，也从不为之所动。他任命李如松提督辽东，任命徐贞明开垦京郊农田，都招来反对声一片，弹劾奏章满天飞。朱翊钧却从不动摇，相关弹劾一律压住：天塌下来朕顶着，你就给我放心做事。事实证明，他都对了。
甚至连民生细节问题，朱翊钧也很明白，内阁大臣们曾奏请在京城开发水田，各位臣子们妙笔生花，把开发水田的美好前景说的天花乱坠，朱翊钧耐着性子听半天，最后吐槽一句：南方气候温和，北方气候干燥，要是碰上干旱，水田怎么办？就这一句话，令各位“能臣”顿时哑火，一场开发闹剧也就及时叫停。
