就在段祺瑞不辞辛劳，替袁世凯鞍前马后，东征西讨的时候，两人之间的裂痕却在不断扩大。袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。“二次革命”前，按照制度设定，国家军事大权本应由陆军部和参谋部分掌。可参谋部只是个毫无实权的空壳，以致于袁世凯想让黄兴当参谋总长，黄兴都不愿干，最后只得由当时尚在武汉的黎元洪遥领。参谋部的具体事务由参谋次长负责，实际发挥不了什么作用，更谈不上对陆军部进行牵制。
袁世凯为此在总统府设立了军事处，规定军机要务须由陆军部、参谋部提出处理方案，呈请总统批示执行，具体怎么执行，由军事处研议。
就像是民初的国会和政党政治一样，制度听上去都不错，但实际运作往往又是另外一回事。军事处原处长李书城是同盟会会员，毫无权力，甚至于连文件都看不到，到任不久就气得挂冠而去。李书城一走，日常事务便由副处长傅良佐完全负责。
傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不会对陆军部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把军事处放在眼里，有时对袁世凯交代要办的事都爱理不理。
（电影《建党伟业》，左为袁世凯，右为段祺瑞）
傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不会对陆军部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把军事处放在眼里，有时对袁世凯交代要办的事都爱理不理。
由于缺少制约，军事大权中的相当一部分尤其是军官的任免，一直被陆军部所掌握。对军官的进退，段祺瑞往往不请示袁世凯就直接下达命令，在他所提拔的军官中，又有很多是门生旧部。段祺瑞与这些军官函电往来，广泛联系，外人看来，从中央到地方已隐然形成一个派系，其势头犹如当年袁世凯之与北洋系。
后来段祺瑞所谓的皖系当时实际并未形成，但袁世凯还是感到非常不安，他对段祺瑞的猜忌也开始一步步加深。
（电影《建党伟业》中正在给袁世凯讲解军事的蒋百里）
蒋方震，字百里，国人一般都以字相称。蒋百里先留学日本并以优异成绩毕业于士官学校，后又赴德国学习军事，是民初公认的第一流兵学家。袁世凯对他很器重，当时袁世凯正打算对保定军校进行改造，从而培养出一批能够牵制“段派”的新生力量，于是便任命蒋百里为保定军校校长。
保定军校直属陆军部管辖，但袁世凯在发布这一任命时根本就没跟陆军部打招呼，段祺瑞对此当然不会高兴。这使得蒋百里一上任就碰到了硬对头——时任陆军部军学司司长的魏宗瀚。
