军统局负责军、宪、警部门以及对外的情报安全工作。其主要负责人为戴笠。军统局分内勤、外勤，机构庞大，人员众多，特工人员最多时多达五万名，分布到国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行反共反人民的特务活动。军统局在许多地方设有集中营、秘密监狱和看守所，囚禁和迫害共产党人、进步人士和革命学生，施以种种酷刑。
1946年，戴笠乘飞机失事死后，军统局进行改组，其公开特务武装的部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长。秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。1949年，军统主要机构撤至台湾。看起来，明王朝的东厂和国民党的军统在本质上没有什么不同，都是为了对付朝野反对派、维护自己统治而建立起来的专门的特务机构，但细细分析，两者之间受时代和社会发展的制约，仍存在着许多不同，主要的不同有以下三条：
第一、权力权限不同。明王朝的东厂是凌驾于朝廷六部九卿之上的独立的专制机构，上至朝廷重臣，下至平民百姓，他们都可以随意秘密缉捕、审问、处死。可以说，东厂厂主掌握着一人之下、万人之上的生杀予夺大权。相比之下，国民党的军统权力要小的多。他们名义上还要服从国防部的领导，对朝野出现的重大事件和重要人物，必须先请示汇报，然后再作处理，即便是军统局长戴笠、毛人凤也不敢轻易处置。
第二、组织机构不同。明王朝的东厂的下属组织虽然设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干名，还有具体负责侦缉工作的役长和番役，但他们活动范围主要在京城，而在京城以外的地方他们就很少设立机构。而国民党的军统除了内勤组织有八处、六室、一所外，其外勤组织还在全国的各大城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市设“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。因此军统比东厂的组织机构更精细，更严密。
第三、活动特点不同。明王朝的东厂虽是特务侦缉机构，但他们以坐班监视现任官员、会审朝廷大案要案，以及负责检查各种边报、塘报，和衙门之间的各种公文为主，只对一些特殊的案件进行秘密侦缉和暗杀活动。而国民党的军统是以秘密侦缉为主，并形成秘密侦缉、抓捕、关押、审讯、处置等系统性、规律性的活动特点。1943年，军统和美国海军参谋部情报署合作，共同组成“中美特种技术合作所”，得到大批美国新式器材和武器，并让几百名美国特务来华，向四万多特工人员传授各类“特种技术”，这使国民党军统特务活动更加猖獗。重庆的“白公馆”、“渣滓洞”两个集中营成了他们杀人的魔窟。
