日本在南海问题上“暗的”一手更令人震惊。6月29日，柬埔寨首相洪森点名批评日本驻柬大使，称其以取消经济援助相威胁，干涉柬埔寨内政。此前他已经提过“某东盟域外国家”的大使正在向柬埔寨及其他东盟国家施压，希望他们能在仲裁案结果宣布后表态支持。对此，日本时事通讯社评论称，作为中国友邦的柬埔寨，为支持中国南海问题的立场而专门同日本作对。
日本国内很关心7月12日的裁决。《日本经济新闻》8日称，东盟各国随着仲裁庭即将做出裁决而警惕感升温，原因是菲律宾在新政府上台后态度发生变化，如果菲律宾优先与中国展开双边磋商，东盟内部对华包围网可能崩塌。文章称，东盟国家的步调已经混乱，判决的效果很可能打折扣。
近几年来，日本在南海问题上搅局的动作不断。2014年后，安倍政府加快劝说东盟各国同中国对立的脚步，现在则是明确插手南海问题。日本防卫大臣中谷元此前在香格里拉对话会上宣称，在南海问题上没有一个国家算是局外人。
“日本并非南海声索国之一，但一直是最热衷于批评中国行为的声音之一。”总部设在布鲁塞尔的国际危机组织（ICG）6月30日发布报告称，日本声称在该地区拥有至关重要的战略、经济和政治利益，并与美国和东南亚国家联手行动，以作为对抗中国在东海（行动）“集体反应”战略的一部分。与此同时，东京向菲越提供援助并支持美国在该“水路”与中国对抗。
据报道，日本与越南商议允许日本自卫队舰船停靠越南海军基地金兰湾，还与越、菲举行海上联合训练和演习，为其建造巡逻船。
