引起精子成活率低的原因有很多。其中，生殖系统感染、精索静脉曲张等是主要原因，具体介绍如下。
1、生殖系统感染导致精子成活率低
生殖系统感染会导致生殖系统的炎症，如前列腺炎、精囊炎、附睾炎、尿道炎，这些炎症可引起精液变异，使得精液的酸碱度、供氧、营养、代谢等均不利於精子活动和存活。如精液中镁、锌、柠檬酸、果糖减少和pH值升高都会对精子成活率造成影响。
2、精索静脉曲张导致精子成活率低
精索静脉曲张导致睾丸局部因静脉血液回流障碍而缺氧，另外静脉血中前列腺素及5-羟色胺水平增高，都可引起精子成活率降低。精索静脉曲张造成阴囊温度升高，也可以使精子成活率低下。
3、抗精子抗体的产生导致精子成活率低
抗精子抗体指的是男性自身产生“自卫”，引起免疫系统产生抗体，令精子凝集或制动，使精子难以生存，从而导致精子成活率低。
4、睾丸发育受阻导致精子成活率低
青春期前垂体分泌的促性腺激素不足，睾丸活组织检查可见曲细精管由未分化的原始支持细胞和原始生精细胞构成，缺乏间质细胞。表现为睾丸生精上皮不完全成熟或受损变薄，精子质量差，活力减弱。青春期后垂体病变或接受过量雄激素或雌激素治疗而导致睾丸萎缩者，睾丸活组织检查早期改变为固有膜增厚及生精退化，晚期曲细精管硬化，间质细胞萎缩。表现为睾丸小而软，精液量少无精子。这些都导致了精子成活率低。
5、微量元素缺乏导致精子成活率低
锌元素是人体必需的微量元素，尤其在睾丸发育、精子形成，以及维持精子活力等方面具有重要意义。硒元素在人体酶系统和免疫系统中举足轻重，是精浆中谷胱甘肽过氧化物酶的重要成分（此酶可防止精子膜形成过氧化脂质，使精子具备良好的形态和功能），并能中和镉、汞对生殖器官的毒性。这两种微量元素的缺乏都会导致精子成活率低。
6、支原体感染导致精子成活率低
支原体感染精子后，常常附着在精子的头部和尾部，使整个精子挂满了大小不等的附着物，致使精子泳动无力，直接影响精子的活力和动力，致使精子质量明显降低，死亡精子数目明显增加，导致精子成活率低。
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