食物相克的来源现在已经很难考证，根据文献记载，来源于中医的药食同源理论，古代中医记载的“十八反”，“十九畏”是针对药物的使用的，而中医又一直认为药物和食物是相通的，所以在食物上面理应也有相克之说。营养学权威专家则更偏向与相信这些食物相克来源于民间的经验，比如翻开古代医书不难发现，其实很多的药方和疗法同样是首先来自民间经验和个案，然后再用理论去解释该现象，从某种意义上，古医药书就是民间经验的摘录。比如从前有一个人，吃了蟹和柿子，然后他肚子疼。于是他认为蟹和柿子一起吃会导致肚子疼，他把这个经验告诉别人，或者写进了书里，后人就拿着这些记录警醒自己不要把柿子和蟹放在一起吃，这就是种种食物相克知识的起源。这样的一种传播方式也决定了很多人在问起为何相信食物相克时会说是我上一辈告知的这一相同说辞。
西洋医学传入中国后，对于“食品相克”的理论中国出现了第一批否定者，1935年，在南京，民间传说是香蕉和芋艿混吃导致食物相克而中毒。我国营养学界的泰斗、南京大学教授郑集决定通过实验来验证食物相克导致流行疾病的说法。他搜集了民间传说中的184对相克食物，并从中选择人们日常生活中同食机会较多的香蕉与芋艿、花生与黄瓜、大葱与蜂蜜、牛肉与板栗等14组食物，让动物和人进行试吃，在食后的24小时内，所有被试动物及人的表情、行为、体温及粪便颜色与次数等都正常。由此，南京流传的因食用“相克食物”香蕉和芋艿而中毒的论调不攻自破。
