东京审判从1946年5月3日开始。
溥仪在证人席上宣誓
东京审判采用的是英美法系对抗式诉讼的审判方式，法官必须保持中立，控辩双方的交锋是庭审的重头戏。而且，远东国际军事法庭还遵循了英美法系和现代法制的两个基本原则：无罪推定和证据规则。因而从理论上说，在最终宣判之前，被告席上的甲级战犯们是不能被认为有罪的，而如果他们在控辩双方的交锋中占据了优势，甚至有被判无罪的可能。
这一点让参与审判的中国法官、检察官都很不适应。
中国检察官倪征燠回忆参加东京审判时曾经写道：“在审判的第一阶段，都是涉及中国受侵略的问题，但中国方面没有估计到战犯审判会如此复杂，而满以为是战胜者惩罚战败者，审判不过是个形式而已，哪里还需要什么犯罪证据，更没想到证据法的运用如此严格。”
在庭审的最初阶段，走上远东国际军事法庭证人席的中国证人也无所适从。国民政府军政部次长秦德纯到庭作证时，说日本“到处杀人放火，无所不为”，被斥为空无实据，几乎被轰下证人台。事后，秦德纯气愤地说：“这哪里是我们审判战犯，还不如说是战犯审判我们。”
而那些受审的甲级战犯们，却在充分利用着法庭给自己提供的“权利”。“九一八”事变主谋之一的土肥原贤二，自上庭之后就一言不发，连法官的提问也不予回答，十足是英美电影经典台词“你有权保持沉默”的现实版。
