回民叛乱
1864年，新疆地区的回族、维吾尔族人民，在陕甘地区回民起义影响下，在天山南北起兵反清，先后攻占库车、乌鲁木齐、哈密、玛纳斯和喀叶噶尔旧城。但是，这些打着反清旗号的武装暴动，一开始就被少数反动封建主窃取了领导权，成为他们搞割据分裂的工具。喀什噶尔的封建主金相印为了兼并汉城（今疏勒），向浩罕汗国求援。洁罕汗国派遣阿古柏率大军于1865年侵入南疆。阿古柏在南疆地区大肆攻城掠地，不断扩充势力，于1867年底以喀什噶尔为中心，成立所谓的“哲德沙尔”伪政权，自称“巴达吾来特阿孜”（意即洪福之王）。到1870年，阿古柏控制了整个南疆和北疆的部分地区。
内外勾结
阿古柏侵占新疆期间，对外投靠俄、英和土尔其，对内残酷压迫各族人民。沙俄趁机施展狡猾的伎俩，一面以帮助清政府安定边境秩序为借口，于1871年6—7月间，强占中国伊犁地区，名曰“代为收复”;一面悉心笼络阿古柏，于1872年承认阿古柏为“哲德沙尔汗国君主”，同阿古柏签订通商条约，获得许多侵略权益。英国也于1874年同阿古柏签订正式条约，承认阿古柏的“艾米尔”（即统治者）地位及其窃踞地区为“合法的独立王国”，从而取得了在阿古柏统治区通商、驻使，设领事等特权。这样，阿古柏就成了沙俄和英国分裂中国领土的共同傀儡。
面对新疆地区这一严重形势，清政府决定采纳陕甘总督左宗棠收复新疆的建议，出兵新疆，消灭阿古柏傀儡政权，恢复被沙俄侵占的伊犁地区的主权。
