法院判决，双方相互道歉，删除侵权微博，相互赔偿对方四万五千元。
对此，方舟子表示他不认可法院判决。方舟子称自己主要是在科普转基因的知识、澄清崔永元等人散布的谣言，只是偶尔讽刺、调侃几句。而崔永元则基本上是在对他进行人身攻击。他还称早就猜到法院会各打五十大板，偏袒崔永元，但这与事实不符，会上诉。
下午，崔永元也发微博称不服判决将上诉。他在微博称：“海淀法院法官辛苦了，看了判决书我决定上诉，因为我认为法庭没有认定我称方是民是网络流氓和骗子是客观描述，是那么恰如其分，竟然特别准确，而且证据充足，不存在侵害名誉权一说。况且，你们真没觉得方是民是流氓和骗子?你们太坚强了话说。”
