菲海军公共关系处军官说，“如果军舰涉及这样的事件，我们在第一时间就会接到消息”;水上警察也说，“事发海域离岸较远，我们没有船在那边”。
根据遇袭台湾地区渔民的说法，菲方船舰为白色船身，船上人员身穿橘色背心，而菲国海军船舰船身为灰色，舰上官兵制服为蓝色，渔业暨水产资源局巡逻船多为蓝底白身。
报道称，菲海岸防卫队官员的船舰及人员制服符合台湾渔民描述，但官员调阅卫星定位记录，称当时没有海巡队船舰在事发地点巡逻。
由于菲国执法船不足，有时各单位会采共同作业方式，比如说海巡队人员可以乘渔业局船只出巡，或渔业局人员搭海巡队巡逻舰执勤，因此很难单凭台湾渔民的说法认定是哪个单位涉入其中。
中方要求菲律宾彻查并说明两岸同声谴责
外交部发言人华春莹9日晚间就事件答记者问时指出，中方对此表示严重关切，我们对开枪射杀台湾渔民的野蛮行径表示强烈谴责。中方要求菲方立即进行调查，并尽快作出说明。我们对遇害的台湾同胞表示深切哀悼，对家属表示慰问。
